Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 15. junija 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 9375 vzorcev in ob tem zabeležili 57 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu. Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V zadnjem obdobju sekvenciranja smo v tej shemi dokazali samo alfa različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica).

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. V tabeli levo, ki izpostavlja le najbolj spremljane različice, drugi seštevanec predstavlja podatke Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani (IMI). Skupno število različic v desni tabeli vključuje le podatke NLZOH.

Število novo potrjenih alfa različic (B.1.1.7 oz. prej imenovana angleška različica) v zadnjem testiranem obdobju je 497 (125 NLZOH in 372 IMI).

V NLZOH smo potrdili nov primer različice P.1.1, ki je podtip gama različice (prej imenovana brazilska različica). Potrdili smo ga pri osebi iz podravske regije. Skupaj imamo do sedaj potrjenih 7 gama različic.

Nov primer jota različice (B.1.526) smo potrdili pri osebi iz obalno-kraške regije, skupaj so do zdaj potrjene v 4 primerih.

Novih primerov drugih različic v obdobju od 30. 5. do 6. 6. 2021 nismo potrdili.

Delta različico smo do sedaj potrdili v 9 vzorcih (4 NLZOH, 5 IMI) in kapa različico v enem vzorcu (IMI).

Različice v obdobju od 30. maja do 6. junija

V zadnjem obdobju, od 30. 5. do 6. 6. 2021, smo uspešno posekvencirali 127 vzorcev; 86 iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 12 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 27 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 2 vzorca bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 86 vzorci iz sheme A smo dokazali samo alfa različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica). Med vsemi vzorci, iz vseh štirih shem, smo dokazali 3 različice SARS-CoV-2: B.1.1.7 (n= 125; 98,4 %), P.1.1 (n=1; 0,8 %) ter B.1.526 (n=1; 0,8 %) (Tabela 2).  

Skupno število novo potrjenih alfa različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 125. To obsega vseh 99 primerov iz sheme A, 2 primera iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 15 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter vse tri primere iz sheme D (EIT). Skupno število alfa različic, ki smo jih do zdaj zaznali v NLZOH, je 4635.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.