Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 13. 7. 2023 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 46.400 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC.

Tabela 1 prikazuje pregled števila analiziranih genomov virusa SARS-CoV-2 po tednih v letu 2023.

V zadnjem obdobju, od 16. 6. 2023 do 14. 7. 2023, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 30 SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev, vsi iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna ena od podrazličic omikrona.

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: spremljanje pomembnih različic

ECDC od 23. 3. 2023 nobene različice ne uvršča med VOC (»Variants of Concern«), medtem ko se podrobneje spremlja linije BA.2.75, BQ.1 in rekombinantno linijo XBB ter nekatere njene hčerinske linije XBB.1.5, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2 in XBB.1.16 (VOI, »Variants of Interest«) (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern). XBB je nastala z rekombinacijo med BJ.1 (BA.2.10.1.1) in BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1).

V tabeli 3 je prikazano število potrjenih primerov posameznih različic, ki jih podrobneje spremljamo.

Naraščanje pojavnosti podlinij različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na grafu 1.

Graf 1. Deležna zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). . Zraven glavnih podrazličic omikrona so posebej izpostavljene še BQ.1 in njene podlinije (hčerinska linija BA.5), BA.2.75 s podlinijami (hčerinska linija BA.2) in XBB s podlinijami (rekombinanta med BJ.1 in BM.1.1.1), katerih deleži v zadnjih tednih naraščajo in jih je ECDC uvrstil med različice, ki jih podrobneje spremljamo (VOI, »variant of interest«; https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 16. 6. 2023 do 14. 7. 2023

Poročilo IMI 26. 6. 2023 do 9. 7. 2023

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.