Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 7. junija 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 9087 vzorcev in ob tem zabeležili 56 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v spodnjem grafu. Prikazuje deležno zastopanost posameznih različic po tednih (iz sheme A, ki je shema vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev). V zadnjem obdobju sekvenciranja smo v tej shemi dokazali samo alfa različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica).

Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Različice, ki jih spremljamo najbolj pozorno, so označene z rdečo. V tabeli levo, ki izpostavlja le najbolj spremljane različice, drugi seštevanec predstavlja podatke Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani (IMI). Skupno število različic v desni tabeli vključuje le podatke NLZOH.

Število novo potrjenih alfa različic (B.1.1.7 oz. prej imenovana angleška različica) je bilo v zadnjem testiranem obdobju 530 (156 NLZOH in 374 IMI).

Potrdili smo en nov primer delta različice (B.1.617.2 oz. prej imenovana indijska različica), pri osebi iz gorenjske regije.

Novih primerov drugih različic v obdobju od 23. 5. do 30. 5. 2021 nismo potrdili.

Različice v obdobju od 23. do 30. maja

V zadnjem obdobju, od 23. 5. do 30. 5. 2021, smo uspešno posekvencirali 157 vzorcev; 96 iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 16 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (Shema B), 39 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 6 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D).

Med 96 vzorci iz sheme A smo dokazali samo alfa različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.1.7, prej imenovana angleška različica). Med vsemi vzorci, iz vseh štirih shem, smo dokazali 2 različici SARS-CoV-2, B.1.1.7 (n= 156; 99,4 %) ter B.1.617.2 (n=1; 0,6 %) (Tabela spodaj). Le v shemi pozitivnih po presejalnem PCR testu odstotek alfa različice ni bil 100-odstoten.

Skupno število novo potrjenih alfa različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 156. To obsega vseh 99 primerov iz sheme A, 2 primera iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 15 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter vse tri primere iz sheme D (EIT).

Podatki IMI-ja kažejo, da delež alfa različice med vzorci, vključenimi v presejalno sekveniranje, narašča in je v enaindvajsetem presejalnem obdobju dosegel 98 % vseh vključenih vzorcev.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.