Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 20. aprila 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 6059 vzorcev in ob tem zabeležili 47 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Med 6059 analiziranimi vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo zaznali 47 različic virusa SARS-CoV-2. Spreminjanje deležev vseh različic virusa SARS-CoV-2, ki krožijo po Sloveniji, po tednih, je predstavljeno v zgornjem grafu. Različice in njihovo skupno število je prikazano v spodnji tabeli. Najbolj spremljane različice so označene z rdečo (drug seštevanec predstavlja število vzorcev, ki jih je sekvenciral IMI, število v oklepaju predstavlja vrednost v prejšnjem tednu). Angleško različico smo potrdili v 1895 vzorcih, skupaj z IMI v 3668 primerih, kar kaže na to, da se je različica B.1.1.7 še dodatno razširila, prejšnji teden smo imeli skupaj 2820 primerov.
Južnoafriško različico (B.1.351, imenovana tudi VOC 501Y.V2 ali 501Y.V2) smo do sedaj zaznali v štirih primerih, dva primera v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter dva primera v podravski regiji v tednu 8 in 14.
V 8 tednu smo zaznali edini dozdajšnji primer brazilske različice (P.1, 484K.V2 ali B.1.1.28), in sicer pri osebi iz podravske regije.
Različico B.1.525 (imenovana tudi G/484K.V3)  smo do sedaj zaznali v 18 vzorcih iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije (skupaj 13). Trenutno ne opažamo naraščanja pojavnosti te različice po času.

Različice v obdobju od 5. do 12. aprila

V zadnjem sekvenciranju, ki vključuje vzorce od 5. 4. 2021 do 12. 4. 2021, smo pregledali 472 vzorcev; 324 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 60 vzorcev, ki so bili pozitivni na presejalnem PCR testu (vključenih najmanj 10 % pozitivnih vzorcev; Shema B), 40 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 37 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D). V NLZOH smo skupaj s KISDL v tem obdobju med 324 vzorci iz sheme A dokazali 4 različice virusa SARS-CoV-2. Angleška različica (B.1.1.7) se je dalje razširila in sedaj predstavlja veliko večino analiziranih vzorcev (90,8 %), kar je 20 % več kot v prejšnjem sekvenčnem obdobju. Različica B.1.258.17 je še vedno druga po pogostnosti (8,5 %), medtem ko smo ostali različici zaznali samo v posameznih primerih.

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 411.
Potrdili smo en nov primer južnoafriške različice B.1.351 iz podravske regije ter dva primera različice B.1.525 v vzorcih iz gorenjske regije.
Novih primerov brazilske različice ali različice B.1.1.318 v obdobju od 5. 4. 2021 do 12. 4. 2021 nismo zaznali.

Angleška različica B.1.1.7

Skupno število novo potrjenih angleških različic B.1.1.7 je bilo v zadnjem testiranem obdobju 411 in predstavlja dobrih 90 % vseh sekvenciranih vzorcev. To obsega 294 primerov iz sheme A (v prikazih so izvzeti vzorci iz tujine in tisti z neznano lokacijo), 51 primerov iz potrjevanja s presejalnim PCR testiranjem (shema B), 36 primerov, ki so bili analizirani po naročilu epidemiologov ter 26 primerov bolnikov, ki se zdravijo na EIT (shema D). Angleška različica sedaj prevladuje v vseh statističnih regijah (tabela in graf spodaj).

Naraščanje pojavnosti angleške različice spremljamo na podlagi sheme A po tednih (graf spodaj). Tudi graf spodaj (IMI) prikazuje naraščanje angleške različice.

Različice pri bolnikih na enotah intenzivne terapije

Do 12.4.2021 smo v sekvenciranje vključili 63 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije EIT (v zadnjem sekvenčnem obdobju 37 vzorcev). Pri 48 bolnikih (76,2 %) smo dokazali prisotnost angleške različice (70,2 % v zadnjem vzorčnem obdobju), pri 10 vzorcih različico B.1.258.17 (15,9 %), v 2 vzorcih različico B.1.258, ter po v enem vzorcu različice B.1, B.1.1 in B.1.1.70.

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.