Sledenje različicam SARS-CoV-2

Posodobljeno 22. 12. 2021

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. do 10. 12. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 23.590 vzorcev, od tega je bilo 5321 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 23.126 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 4. 12. do 10. 12. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 841 vzorcev, 314 vzorcev iz sheme A in 518 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) in 9 vzorcev iz sheme D (bolniki na enoti intenzivne terapije, EIT).
V 313 (99,7 %) vzorcih iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.xx). V enem vzorcu (0,3 %) smo potrdili različico omikron (podlinijo BA.1), pri osebi iz osrednjeslovenske statistične regije. Vzorec je bil odvzet v 49. tednu.

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 4. 12. do 10. 12. 2021.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 23.126 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 143 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice delta (n=74) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 13.190 osebah, 623 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Različico omikron (B.1.1.529, ter podlinije BA.1 in BA.2) smo do sedaj potrdili pri 8 osebah. En primer smo potrdili tekom rednega sekvenciranja, okužba je bila potrjena v 49. tednu pri osebi iz osrednjeslovenske statistične regije.
Sedem dodatnih primerov smo potrdili z izrednim sekvenciranjem, med 17. 12 in 19. 12. 2021, trije primeri so iz gorenjske statistične regije in štirje iz obalno-kraške statistične regije, vse okužbe so bile potrjene v 50 tednu.    

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v petih primerih.

Različica mu (B.1.621, status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.

Potrjeni primeri okužb z različico omikron

V spodnji tabeli so razvidni potrjeni primeri okužb z različico omikron, ki smo jih v NLZOH potrdili z rednim ali izrednim sekvenciranjem (po presejalnem testu PCR ali epidemiološko indikacijo):

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 25.096 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice, 65 primerov omikron različice. ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 4. 12. do 10. 12. 2021

Poročilo IMI za teden od 6. 12. do 12. 12. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.