Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. do 21. 11. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 20.129 vzorcev, od tega je bilo 4048 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 19.943 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, ki izjemoma obsega dva tedna, od 8. 11. do 21. 11. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 1104 vzorcev, 865 vzorcev iz sheme A, 217 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) ter 22 vzorcev iz sheme D (bolniki na intenzivni negi). V vseh 865 vzorcih iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.xx).

V štirih vzorcih smo potrdili različico AY.4.2, ki jo podrobneje spremljamo, predvsem zaradi hitrega širjenje v Angliji. Skupaj smo različico AY.4.2 do sedaj potrdili pri petih osebah.

Preostalih treh različic s statusom VOC, beta (B.1.351), gama (P.1) in omikron (B.1.1.529), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 19.943 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 128 različic virusa SARS-CoV-2 (vključno s podlinijami različice delta in alfa).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 10.095 osebah, 1.050 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v 5 primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Mu različica (B.1.621, status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili 1 primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 20.022 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za tedna od 8. 11. do 21. 11. 2021

Poročilo IMI za teden od 15. do 21. 11. 2021

Poročilo IMI za teden od 8. do 14. 11. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.