Sledenje različicam SARS-CoV-2

Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.

Od 1. januarja 2021 do 23. marca 2021 smo v NLZOH skupaj s KISLD s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 3404 vzorce. Skupaj z IMI beležimo 46 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Skrbno spremljamo različice posebnega pomena. Število primerov angleške različice se je povzpelo na drugo mesto in beležimo skupaj 831 potrjenih primerov (do prejšnjega tedna smo zabeležili 511 primerov).

Do danes smo potrdili skupaj 27 primerov različice B.1.525 oz. nigerijske različice (prejšnji teden 20).

Pozorno spremljamo tudi t.i. južnoafriško različico z oznako B.1.351 – imamo skupaj 25 potrjenih primerov (prejšnji teden 21).

Različica A.27, ki tudi nosi eno od kritičnih mutacij, se je povzpela s 14 na 25.

Brazilska različica P.1 je še vedno prisotna le z enim primerom (potrjen tri tedne nazaj).  

Ob spremljanju deležne zastopanosti različic opazimo, da med različicami, ki smo jih našli v 323 vzorcih odvzetih med 8. in 15. marcem, prevladuje različica B.1.258.17 s 60,4 odstotnim deležem, sledi ji je angleška različica B.1.1.7. s 33,6 %. Slednja raste v vseh regijah in izpodriva različico B.1.258.17. Dejansko beležimo eksponentno rast angleške različice, tudi IMI poroča o 24 odstotnem deležu vzorcev pozitivnih na angleško različico.

Delež angleške različice B.1.1.7.  med vzorci vključenimi v sekvenciranje narašča v vseh regijah; število angleške različice se je v jugovzhodni regiji podvojilo, skoraj potrojilo v koroški regiji in skoraj podvojilo v savinjski regiji.

Če pogledamo deležno zastopanost različic po tednih, delež angleške različice (prikaz spodaj – zelena barva) v celotni strukturi sekvenciranih vzorcev narašča. V prvem tednu je bila genetska pestrost virusa velika, močno je prevladovala različica B.1.258, zdaj pa sta možno zastopani dve – angleška in B.1.258.17 različica.

Spremljanje mutacij na S proteinu odlikuje stanje posameznih različic. Upad zaznavamo v deležu mutacij, značilnih za različici B.1.258.17 in B.1.258, ki sta še pred nekaj tedni odločno prevladovali v slovenski populaciji. Posledično narašča frekvenca mutacij, ki je značilna za angleško različico. Delež kritične mutacije E484K, ki je značilna za južnoafriško različico (B.1.351), brazilsko različico (P.1) in različico B.1. s tedni ne narašča (prisotna v 0,15 % vseh sekvenciranih genomov).

Novinarska konferenca

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam