Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 5. 9. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 13.510 vzorcev, od tega je bilo 2.226 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 13.314 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 30. 8. do 5. 9. 2021, smo uspešno posekvencirali 534 vzorcev, 394 vzorcev iz sheme A (50 % pozitivnih vzorcev), 2 vzorca is sheme B (vzorci, ki niso vključeni v shemo A in na podlagi presejalnega testa niso pripadali delta različici), 136 vzorcev iz sheme C (naročilo epidemiologov) ter 2 vzorca iz sheme D (bolniki na intenzivni negi).

Med 394 vzorci iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene pod-linije AY.4 do AY.14; n = 393; 100 %) ter različico A (n = 1; 0,2 %).

V zadnji seriji smo potrdili 530 primerov različice delta, kar predstavlja 99,3 % sekvenciranih vzorcev.
Porazdelitev različice delta (B.1.617.2 in AY.4-AY.12) po statističnih regijah je predstavljena v spodnji tabeli.

Preostalih treh različic s statusom VOC – različice posebnega pomena (angl. variants of concern), alfa (B.1.1.7), beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 30. 8. do 5. 9. 2021 nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 13.314 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 78 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj zaznali v 5.106 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.12, status: VOC) smo potrdili pri 3.553 osebah, 530 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Kapa različico (B.1.617.1, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri eni osebi.  

Eta različico (B.1.525, tudi nigerijska različica, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v štirih primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Jota različico (B.1.526, tudi newyorška različica, status: monitoring), smo potrdili pri petih osebah.

C.36.3 (status: VUI), pretežno evropska linija. Do sedaj smo potrdili 11 primerov. Večina (n=10) primerov je iz obalno-kraške regije, en primer je iz gorenjske statistične regije.

B.1.621 (status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), iz predzadnje serije za NLZOH in IMI ter in zadnje serije NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 6.974 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 10.800 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 30. 8. do 5. 9. 2021

Poročilo IMI za teden od 30. 8. do 5. 9. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.