Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do  1. 8. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 10.299 vzorcev, od tega je bilo 1.671 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 10.795, od tega 10.600 iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 25. 7. do 1. 8. 2021, smo uspešno posekvencirali 420 vzorcev, 302 vzorca iz sheme A (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev) in 118 vzorcev iz sheme D (vzorci bolnikov z enote intenzivne terapije).

Med vzorci iz sheme A smo potrdili 4 različice virusa SARS-CoV-2, delta (B.1.617.2; n=299; 99,0 %), alfa (B.1.1.7; n=1, 0,3 %), C.36.3 (n=1; 0,3 %) in B.1. (n=1; 0,3%). Sledi porazdelitev potrjenih različic po statističnih regijah.

V zadnji seriji smo potrdili 299 primerov različice delta, kar predstavlja 99 % sekvenciranih vzorcev.
Porazdelitev različice delta po statističnih regijah je predstavljena v spodnji tabeli.

Preostalih dveh različic s statusom VOC – različice posebnega pomena (angl. variants of concern), beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 25. 7. do 1. 8. 2021 nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 10.600 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 62 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj v NLZOH zaznali v 5.096 vzorcih, od tega v zadnji seriji sekvenciranja v NLZOH poročamo 1 primer.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19., 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2, prej imenovana indijska različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri 861 osebah, 299 novih primerov v zadnji seriji sekvenciranja poročamo v NLZOH. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

C.36.3 (status: VUI oz. različice, ki jih podrobneje spremljamo – angl. variants under investigation) je pretežno evropska linija. Do sedaj smo v NLZOH potrdili 10 primerov, en primer poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Vsi primeri so iz obalno-kraške regije.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) iz predzadnje in zadnje serije za NLZOH in IMI skupaj ter skupno število teh različic.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 1.726 primerov delta različice in 10 primerov delta+ različice, 10.790 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 25. 7. do 1. 8. 2021

Poročilo IMI za teden 25. 7. do 1. 8. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.