Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 18. 7. 2021  s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 9514 vzorcev, od tega je bilo 1782 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 10.204, od tega 10.010 iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 11. 7. do 18. 7. 2021, smo uspešno posekvencirali 222 vzorcev (vsi iz sheme A (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev).

Potrdili smo 3 različice virusa SARS-CoV-2, delta (B.1.617.2; n=210; 94,6 %), alfa (B.1.1.7; n=10, 4,5 %) in C.36.3 (n=2; 0,9 %). V spodnjih tabelah predstavljamo delež različic potrjenih v zadnjem obdobju ter porazdelitev potrjenih različic po statističnih regijah.

210 primerov različice delta smo potrdili v zadnji seriji. Porazdelitev različice delta po statističnih regijah je predstavljena v spodnji tabeli.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 11. 7. do 18. 7. 2021 nismo potrdili.

Potrdili smo dva nova primera različice C.36.3, ki je znana tudi kot C.36 s pridruženo mutacijo L452R (C.36+L452R). C.36.3 je s strani ECDC trenutno uvrščena kot različice, ki jih podrobneje spremljamo (VUI – Variants under investigation). Ponovno sta oba primera iz obalno-kraške statistične regije.

Različice skupaj

Med 10.010 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo skupaj zaznali 61 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj skupaj z IMI zaznali v 10.777 vzorcih, od tega v zadnji seriji sekvenciranja v NLZOH poročamo 10 primerov, IMI pa 13 primerov.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19., 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2, prej imenovana indijska različica, status: VOC) smo skupaj potrdili pri 787 osebah, 210 novih primerov NLZOH v zadnji seriji sekvenciranja, IMI 139 primerov. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu. IMI je delta+ različico potrdil v enem vzorcu, skupaj je tako potrjenih 7 primerov.

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena in različic, ki jih podrobneje spremljamo.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 787 primerov delta različice in 7 primerov delta+ različice, 10.777 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 11. 7. do 18. 7. 2021

Poročilo IMI za teden 11. 7. do 18. 7. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.