Razširjenost angleškega seva v Sloveniji

Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano je v soboto, 23. januarja 2021, kot donacijo slovaške vlade v Bratislavi prevzel testne komplete namenjene odkrivanju sprememb v dednem zapisu virusa SARS-CoV-2, ki lahko pomenijo, da gre za tako imenovani angleški sev, ki ga označujemo z oznako B.1.1.7.

Sprejeti testni kompleti so zadoščali za izvedbo 2400 PCR reakcij, pri čemer sta za analizo enega vzorca potrebni dve reakciji.

Testne komplete smo v nedeljo razdelili med šest mikrobioloških laboratorijev Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano, ki delujejo na lokacijah Maribor, Celje, Ljubljana, Kranj, Novo mesto in Koper ter laboratorij Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani. V nedeljo smo na vseh lokacijah pričeli z delom.

Na vsakem desetem PCR pozitivnem vzorcu, ki smo ga v laboratorije sprejeli v zadnjih štirinajstih dneh, to je od 11. januarja naprej, smo izvedli dodatni dve PCR reakciji, da bi ugotovili dve genetski spremembi, ki sta prisotni pri visokem deležu predstavnikov angleškega seva.

Do ponedeljka popoldne smo v vseh laboratorijih skupaj testirali 877 vzorcev in pri 16 vzorcih dobili pozitiven rezultat. Rezultati po laboratorijih so prikazani v naslednji tabeli (tabela 1).

Od 16 pozitivnih rezultatov jih je osem pridobil naš laboratorij v Ljubljani, dva laboratorij v Novem mestu, po enega laboratorija v Mariboru in Kranju, štiri pozitivne rezultate pa so pridobili na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo. Posamezni laboratoriji so testirali od 59 do 193 vzorcev.

Pomembno je poudariti, da teh 16 primerov niso potrjeni primeri. To so primeri, ki so bili pozitivni s slovaškim testom, ki velja kot presejalni test. Da bi mu dali status potrditvenega, je še prezgodaj – šele z rezultati sekvenciranja bomo lahko govorili o potrjenih primerih.

V spodnji tabeli (tabela 2) so vidni vzorci, ki so bili v testu pozitivni glede na datum sprejema v laboratorij, mesto odvzema vzorca in kraj prebivališča preiskovanca.
Prvi pozitivni vzorec je bil sprejet v laboratorij v Mariboru 11. 1. 2021 in je bil odvzet v Murski Soboti, naslednja dva pozitivna sta bila sprejeta 16. 1. 2021. Pozitivnih vzorcev nismo našli na mariborskem, koprskem in celjskem področju.

V pozitivnih vzorcih bomo v nadaljevanju izvedli metodo sekvenciranja celotnega genoma, da bi potrdili prisotnost vseh genetskih sprememb, ki so značilne za angleški sev.

V nadaljevanju pojasnjujemo, kaj zmore posamezna od omenjenih metod. Pri tem je predvsem pomembno razumeti razliko med PCR reakcijo in metodo sekvenciranja bodisi posameznih delov genoma (dednega zapisa) bodisi celotnega dednega zapisa.

Na naslednji sliki je prikazan celotni dedni zapis (genom) virusa SARS-CoV-2.

Zanj lahko uporabimo prispodobo in mu rečemo, da je stavek sestavljen iz besed, ki jih imenujemo geni. Vsaka beseda je nadalje sestavljena iz črk, ki jih imenujemo nukleotidi. Dedni zapis virusa SAS-CoV-2 je sestavljen iz nekaj manj kot 30.000 črk.

Z metodo sekvenciranja celotnega genoma določimo zaporedje vseh črk v stavku – ga torej preberemo v celoti.

Z metodo sekvenciranja posameznih delov genoma po navadi določimo zaporedje črk v posamezni besedi iz stavka. To pomeni, da določimo zaporedje nukleinskih kislin v enem genu.

S PCR reakcijo pa se usmerimo na posamezni del besede in ga razmnožimo. Seveda si izberemo tisti del besede ali besedo, ki je z najvišjo možno verjetnostjo povezana z lastnostjo, ki jo iščemo.

Test, ki smo ga uporabili v preteklih dneh, odkriva dve genetski spremembi od devetih v genu, ki nosi zapis za protein virusne bodice.

Na trgu obstajajo tudi drugi podobni testi, vendar odkrivajo drugačne kombinacije genetskih sprememb. Test, ki ga kot presejalni test na primer uporabljajo v Veliki Britaniji, odkriva le eno od dveh genetskih sprememb, ki ju zaznava test, razvit na Slovaškem.
V Veliki Britaniji so ugotovili, da je zelo primerno orodje, da ugotavljamo, kako se ta tip virusa širi po državi.

Kako pestra je skupnost, ki pripada virusu SARS-CoV-2, je prikazano na naslednji sliki. Posamezne genetske linije se kažejo kot skupine, ki pa niso sestavljene iz identičnih posameznikov, ampak se posamezniki v skupini malenkost razlikujejo.
Na sliki je zelo dobro razvidno, da so se nekatere genetske linije bolje uveljavile in takšna je tudi angleški sev.

Slovaški proizvajalec MultiplexDX s.r.o. je test validiral v sodelovanju z Biomedicinskim raziskovalnim centrom pri Akademiji znanosti Slovaške. Pri 22 od 23 vzorcih, kar je 95,7 %, pri katerih so s sekvenciranjem potrdili prisotnost seva B.1.1.7, so s testom dobili pozitivno reakcijo.

Ker s testom delamo šele dobrih 72 ur, bomo seveda pozitivne rezultate potrjevali s sekvenciranjem. Zaenkrat kaže, da bi ga lahko uporabljali na način, kot so podobne teste v epidemiološko sledenje vključili na primer v Veliki Britaniji, na Danskem in kot nameravajo na Slovaškem, torej za spremljanje dinamike širjenja tega tipa virusa.

Posnetek novinarske konference o aktualnem stanju glede bolezni COVID-19, kjer je mag. Tjaša Žohar Čretnik, direktorica Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano, predstavila zgornje ugotovitve.