Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano smo skupaj z inštitucijami različnih področij pripravili nacionalno strategijo sledenja znanim in novim različicam SARS-CoV-2.  

Nacionalni inštitut za javno zdravje bo tako pokrival epidemiološke vidike in spremljanje, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete v Ljubljani ter Klinični inštitut za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana bodo pokrivali sledenje v humanih vzorcih; Nacionalni inštitut za biologijo in Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano bosta pokrivala sledenje v odpadnih vodah na čistilnih napravah in v bolnišnicah; Nacionalni veterinarski inštitut pa sledenje pri živalih.  

Namen spremljanja  je hitro zaznavanje novih variant virusa z večjo prenosljivostjo, oziroma težjim potekom bolezni ter spremljanje njihovih vzorcev širjenja. Genetske spremembe pri virusu lahko med drugim vplivajo na učinkovitost diagnostike, načine zdravljenja in izbor cepiva. Ko se pojavijo, se je potrebno pravočasno odzvati ter obveščati tako domačo kot mednarodno javnost. Poleg spremljanja pojavljanja in širjenja različnih genetskih različic je pomembno tudi spremljanje pojavljanja posameznih pomembnih mutacij.

Načrt spremljanja pojavljanja in širjenja novih variant virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji zajema pet sklopov, in sicer:

Prvi sklop je namenjen spremljanju novih variant pri ljudeh, okuženih s SARS-CoV-2 s pomočjo sekvenciranja celotnega virusnega genoma, ki bo potekalo kontinuirano z zajemom 5-10 % PCR pozitivnih vzorcev iz celotne populacije v skladu s priporočilom Evropske komisije in še posebej pri posebnih ciljnih skupinah.

Drugi sklop je prav tako namenjen spremljanju novih variant pri ljudeh, a s pomočjo dodatnega testiranja s presejalnimi PCR testi. Tudi za ta namen bomo testirali vsak deseti PCR pozitiven vzorec iz osnovne diagnostike.  Ta pristop omogoča hitro zaznavanje verjetne prisotnosti znanih pomembnih variant. 

V tretjem sklopu bo potekalo sledenje s pomočjo analize odpadnih voda, ki omogoča zajemanje celotne  populacije vključno npr. z asimptomatičnimi nosilci, ki niso napoteni na odvzem brisov. Prednost pristopa je tudi v tem, da z njim lahko odkrijemo več morebitnih novih mutacij.  

V četrtem sklopu bomo spremljali variante SARS-CoV-2 v bolnišnični odpadni vodi in bolnišničnem okolju in s tem ugotavljali, ali se v tem okolju pojavljajo nepoznani primeri bolezni.

Zadnji, peti sklop predstavlja spremljanje variant SARS-CoV-2 v živalskem rezervoarju. Ključna točka za obvladovanje zoonoz je poznavanje mest, ki predstavljajo rezervoarje povzročitelja za okužbe pri človeku. Pomembno je tudi ugotavljanje občutljivosti različnih živalskih vrst za okužbo s SARS-CoV-2 in njihove vloge v epidemiologiji COVID-19 Spoznanja so lahko podlaga za odločitve medicinske in veterinarske stroke, potrebne za obvladovanje pandemije.  

Rezultati sekvenciranja:

Od 1. 1. 2021 do 22. 2. 2021 smo s sekvenciranjem pregledali 1475 vzorcev. Pri 379 vzorcih smo pregledovali prisotnost novih različic s sledenjem pomembnih mutacij na manjšem delu genoma, pri 1096 pa smo skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana določili celotne genome. 

Angleško različico smo do sedaj zaznali pri 6 vzorcih od skupno 1096. En primer smo potrdili že januarja pri potniku, ki se je decembra vrnil iz Anglije, pet pa smo jih potrdili z nacionalno strategijo sledenja v januarju in februarju – dva primera sta iz jugovzhodne regije, en iz savinjske ter dva iz podravske regije. Južnoafriške in brazilske različice nismo zaznali.

V vzorcih iz diagnostičnih mikrobioloških laboratorijev NLZOH iz vse Slovenije močno prevladuje različica B 1.258.17, ki v Sloveniji predstavlja 78,5 % seh sekvenciranih genomov. Ta različica se pojavlja tudi v drugih državah po svetu (na primer na Češkem, Slovaškem, Danskem, v Avstriji, Švici, itd.). 

S presejalnim rTEST COVID 19 (t.i. slovaški test) smo doslej pregledali 2018 vzorcev. V 38 vzorcih je test pokazal morebitno prisotnost angleške različice. Od teh 38 smo s sekvenciranjem genomov angleško različico potrdili pri 5 vzorcih (pri enem od petih primerov sekvenciranja nismo izvedli, ker je šlo za primer osebe, ki je bila kot pozitivna na angleško različico potrjena predhodno že v Belgiji). 

Pri 18 vzorcih smo s sekvenciranjem potrdili prisotnost drugih različic, 15 vzorcev je še v procesu potrjevanja.

Če vsem rezultatom dodamo tudi rezultate Inštituta za medicinsko mikrobiologijo in imunologijo MF UL Ljubljana, ki jih je 28, je skupno število (v NLZOH je torej 6 potrjenih rezultatov iz sekvenciranja in 1 primer, ki je bil potrjen v Belgiji) potrjenih primerov angleške različice v Sloveniji 35.

Novinarska konferenca