Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano izvaja monitoring kakovosti kopalnih voda po naročilu Ministrstva za okolje in prostor. Izhodišče za izvajanje monitoringa je Direktiva Evropskega parlamenta in sveta 2006/7/ES, ki je v nacionalni pravni red prenesena z dvema okoljskima predpisoma.
Kakovost morske kopalne vode spremljamo vzdolž celotne Slovenske obale. Določenih je 21 kopalnih voda in vsaka kopalna voda ima vsaj eno merilno mesto, skupaj imamo 29 odvzemnih mest. Odvzeme izvajamo na točno določenih koordinatah.
Vzorčenje izvajamo v času kopalne sezone od 1.6. do 15. 9. vsakih 14 dni. Tako da izvedemo na eno kopalno sezono 8 vzorčenj. Prvo vzorčenje na morju pa izvedemo že v maju preden se kopalna sezona začne.
Kopalne vode delimo na naravna kopališča in kopalna območja. Imamo 14 naravnih kopališč in 7 kopalnih območij. Med seboj se delijo glede na urejenost.
Naravna kopališča so urejena in s plovci omejena. Vsako naravno kopališče ima reševalca iz vode in prvo pomoč. Torej je poskrbljeno za reševanje iz vode, urejen je dostop v vodo in poskrbljeno je za udobje kopalcev – ležalniki, senčniki.
Na kopalnih območjih se kopamo bolj v naravnem okolju, kjer ni urejenih dostopov v morje. Prav tako ni reševalcev iz vode in akvatorij ni omejen, zato prosimo kopalce, kopate se lahko le 150 m od obale. V zadnjih letih so postavljeni rumeni plovci, ki barkam prepovedujejo plutje in sidranje znotraj kopalnega območja – 150 m od obale.
Vlada Republike Slovenije je na 19. redni seji, dne 25. 7. 2013, sprejela Sklep o ustanovitvi Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano (NLZOH). Skladno s sklepom Vlade so z dnevom pričetka delovanja NLZOH prenehali območni zavodi za zdravstveno varstvo.