V NLZOH opravimo precejšnje število analiz različnih vrst čokolade (mlečne, temne), čokolade z raznimi dodatki (lešniki, mandlji, jagodami) in čokoladnih mešanic za pripravo napitka – vroče čokolade.
Pomembne sestavine v čokoladi so flavonoidi (antioksidanti), kakavovo maslo, kofein, teobromin in feniletilamin, medtem ko je prisotnost psihoaktivnih snovi razlog za njene prijetne učinke. Čokolada vsebuje tudi številne mineralne snovi, kot so kalcij, magnezij, fosfor, železo in baker ter vitamine A, B1, B2. Ker posamezniki pogosto posežemo po njej, je v NLZOH tudi pogosto v analizi. Na osnovi opravljenih analiz ugotavljamo, da so bili vsi izdelki, ki smo jih preverjali, skladni s spodaj navedenimi zahtevami.
Pri izbiri analiz sledimo zahtevam zagotavljanja kakovosti čokolad in čokoladnih izdelkov (določitev teobromina in suhih nemastnih kakavovih delov) glede na Pravilnik o kakovosti kakavovih in čokoladnih izdelkov, preverjamo prisotnost onesnaževal (določitev kadmija).
Preverjamo tudi skladnost navedenih vrednosti v tabeli hranilnih vrednosti na deklaraciji izdelka. Z analizami vlage, pepela, maščob in beljakovin preverimo deklarirano hranilno vrednost izdelka. Preverimo tudi vsebnost soli in sladkorjev.
Poleg kemijskih preiskav izvajamo tudi mikrobiološko preiskavo, ki pomeni ugotavljanje prisotnosti mikroorganizmov v živilih. Obseg mikrobioloških parametrov in kriterijev za čokolado in čokoladne izdelke je naveden v Smernicah za mikrobiološko varnost živil, ki so namenjena končnemu potrošniku in vključuje ugotavljanje prisotnosti bakterije salmonela, ki jo uvrščamo v skupino patogenih mikroorganizmov. V kolikor jo v vzorcu odkrijemo, živilo predstavlja tveganje in je lahko škodljivo za zdravje ljudi. V čokoladi določamo še število bakterije Clostridium perfringens, koagulaza pozitivnih stafilokokov in Staphylococcus aureus, Escherichia coli ter plesni in kvasovk. Povišano število teh bakterij predstavlja higienski indikatorski parameter in nakazuje na neustrezno higieno v proizvodnji ali prometu z živilom.
Vlada Republike Slovenije je na 19. redni seji, dne 25. 7. 2013, sprejela Sklep o ustanovitvi Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano (NLZOH). Skladno s sklepom Vlade so z dnevom pričetka delovanja NLZOH prenehali območni zavodi za zdravstveno varstvo.