Center za medicinsko mikrobiologijo NLZOH sestavlja devet oddelkov s sedeži v Murski Soboti, Mariboru, Celju, Ljubljani, Kranju, Novem mestu, Kopru in Novi Gorici. Izvajamo mikrobiološko diagnostično dejavnost, preiskave in aktivnosti s področja javno zdravstvene mikrobiologije in raziskovalno dejavnost. V centru nas je zaposlenih 220 sodelavcev, ki letno z več kot 300 različnimi metodami opravimo preko 650.000 preiskav za bolnišnice, zdravstvene domove, zasebne izvajalce zdravstvene dejavnosti in druge ustanove, ki potrebujejo mikrobiološke storitve. Na področju javno zdravstvene mikrobiologije skrbimo za laboratorijsko podporo mrežnemu spremljanju nalezljivih bolezni tako znotraj države, kot v mednarodnih okvirjih. Delo opravljajo visoko usposobljeni sodelavci: specialisti mikrobiologi, univerzitetni diplomirani mikrobiologi, inženirji laboratorijske medicine, laboratorijski tehniki in drugi sodelavci. Pokrivamo področje bakteriologije, mikologije, parazitologije, virologije, serologije in molekularne mikrobiologije. S sprotnim uvajanjem novih, tehnološko vse zahtevnejših metod sledimo cilju hitrega poročanja zaupanja vrednih rezultatov mikrobioloških preiskav vsem našim partnerjem. Vsi oddelki so verificirani s strani Ministrstva za zdravje in imajo dovoljenje za delo za področje mikrobiologije. Tako vsi oddelki sodelujejo v sistemu zunanjega preverjanja kakovosti rezultatov že več kot 25 let in tudi sicer skrbimo za področje kakovosti s širjenjem imetnikov cerifikata ISO 9001 in postopnim vključevanjem v vse aktivnosti, ki so podlaga za pridobitev akreditacije.

Oddelki z laboratoriji in enotami: