Sledenje različicam SARS-CoV-2

Od 1. januarja 2021 do 6. aprila 2021 smo v NLZOH skupaj s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana s sekvenciranjem celotnih genomov analizirali 5175 vzorcev in ob tem zabeležili 46 različic virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

V zadnjem sekvenciranju, ki vključuje vzorce od 22. do 29. 3. 2021, smo pregledali 556 vzorcev; 411 vzorcev iz sheme vzorčenja 10 % pozitivnih vzorcev (Shema A), 88 vzorcev, ki so bili pozitivnih na presejalnem PCR testu (vključenih najmanj 10 % pozitivnih vzorcev; Shema B), 39 vzorcev po naročilu epidemiologov (Shema C) ter 18 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enoti intenzivne terapije (EIT; Shema D). Od 88 vzorcev, za katere je presejalni PCR test nakazal, da gre za angleško različico (B.1.1.7), smo to s sekvenciranjem potrdili v 87 vzorcih (98,9 %), pri enem vzorcu je šlo za različico B.1.1.

Med 411 vzorci iz sheme A smo v obdobju od 22. do 29. marca dokazali 7 različic virusa SARS-CoV-2 (tabela spodaj). Prvo mesto je v zadnjem testiranem obdobju prevzela angleška različica, B.1.1.7 (56,0 %), na drugem mestu je različica B.1.258.17 (40,4 %). Ponovno smo potrdili tudi en primer različice B.1.525.
Angleška različica prevladuje v skoraj vseh regijah, razen v obalnokraški in koroški, kjer je na prvem mestu različica B.1.258.17. Največji delež različica B.1.1.7 dosega v jugovzhodni (85,3 %) ter posavski regiji (83,3 %), sledi ji savinjska regija s 70,2%. * Vrednosti za goriško regijo so slabo reprezentativne zaradi nizkega števila vzorcev (n=2). 
Novih primerov južnoafriške in brazilske različice v obdobju od 22. do 29. 3. 2021 nismo zaznali.

Med 5175 analiziranimi vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo zaznali 46 različic virusa SARS-CoV-2. Različice so prikazane v spodnji tabeli, ob čemer so najbolj spremljane različice označene z rdečo (drug seštevanec predstavlja število vzorcev, ki jih je sekvenciral IMI).
Angleško različico (B.1.1.7) smo do sedaj potrdili pri 1166 osebah (407 novih primerov iz zadnje serije sekvenciranja; vzorci iz 7. , 9., 10.—13. tedna). Južnoafriško različico (B.1.351) smo do sedaj zaznali v treh primerih, dva primera v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter en primer v podravski regiji v tednu 8. Edini dozdajšnji primer brazilske različice (P.1 ali B.1.1.28) ostaja že poročani primer iz 8. tedna pri osebi iz podravske regije.

Naraščanje pojavnosti angleške različice spremljamo na podlagi sheme A po tednih.

Spremljamo tudi različice virusa SARS-Cov-2 pri bolnikih, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije. V sekvenciranje smo vključi 52 vzorcev bolnikov, ki se zdravijo na enotah intenzivne terapije. Pri 39 bolnikih (75 %) smo dokazali prisotnost angleške različice B.1.1.7. Na podlagi analize sekvenc trenutno ne opazimo razlik med primeri angleške različice v populaciji ter vzorci iz intenzivne nege (na filogenetskem drevesu spodaj označeni z rdečo piko).

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.