Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 5. 11. 2023 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 46.893 vzorcev. Od tega je bilo 26.204 genomov sekvenciranih v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana in 8.509 genomov v sodelovanju z ECDC.

Tabela 1 prikazuje pregled števila analiziranih genomov virusa SARS-CoV-2 po tednih v letu 2023.

V zadnjem obdobju, od 13. 10. 2023 do 5. 11. 2023, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 175 SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev, vsi iz sheme A. V vseh vzorcih je bila prisotna ena od podrazličic omikrona.

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja.

NLZOH: spremljanje pomembnih različic

ECDC od 23. 3. 2023 nobene različice ne uvršča med VOC (»Variants of Concern«), medtem ko se podrobneje spremlja linije in hčerinske linije BA.2.75, XBB.1.5-like in XBB.1.5-like+F456L (VOI, »Variants of Interest«) in BA.2.86 in XBB.1.16 (VUM, »Variant Under Monitoring« (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

V tabeli 3 je prikazano število potrjenih primerov posameznih različic, ki jih podrobneje spremljamo.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 13. 10. 2023 do 5. 11. 2023

Poročilo IMI 2. 10. 2023 do 8. 10. 2023

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.