Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 12. 2. 2022 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 32.427 vzorcev, od tega je bilo 7.964 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 4.711 vzorcev iz leta 2022.

V zadnjem obdobju, od 7. 2. 2022 do 12. 2. 2022, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 706 vzorcev, 546 vzorcev iz sheme A, 143 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) ter 17 vzorcev iz sheme D (bolniki na enoti intenzivne terapije, EIT/OIIM).

V vzorcih iz sheme A smo dokazali 2 različici virusa SARS-CoV-2, različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.1, BA.1.1 in BA.2; n = 545, 99,8 %) ter različico delta (B.1.617.2 ter njene podlinije AY; n = 1, 0,2 %)

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 7. 2. do 12. 2. 2022.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju rednega sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 31.891 vzorci iz leta 2021 in 2022 (iz vseh shem) smo dokazali 160 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice omikron (n=4), delta (n=87) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.127, status: VOC) smo potrdili pri 16.376 osebah, 130 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.

Različico omikron (B.1.1.529 ter podlinije BA.1, BA.1.1 in BA.2) smo s sekvenciranjem do sedaj potrdili pri 5.458 osebah, 665 novih primerov smo potrdili v zadnji seriji sekvenciranja (vse sheme).
Podlinijo BA.2 smo do sedaj potrdili pri 81 osebah, 47 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja.   

Naraščanje pojavnosti različice omikron spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Spodnji graf prikazuje deležno zastopanost [%] posameznih različic SARS-CoV-2 po tednih (shema A). S stolpiči so prikazani deleži sekvenciranih SARS-CoV-2 PCR pozitivnih vzorcev.  *Med 18. 1. in 6. 2. 2022 (tedni 3 do 5) smo sekvencirali v omejenem obsegu, izven definiranih shem, zato rezultati niso nujno reprezentativni.  

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila (NLZOH + IMI) s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 29.842 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 9.607 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 7. 2. 2021 do 12. 2. 2022

Poročilo IMI 31. 1. 2022 do 6. 2. 2022

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.