Sledenje različicam SARS-CoV-2

Posodobljeno 31. 12. 2021

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. do 17. 12. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 24.124 vzorcev, od tega je bilo 5498 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 23.658 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 11. 12. do 17. 12. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 357 vzorcev, 256 vzorcev iz sheme A in 101 vzorec iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije).
V vseh 256 vzorcih iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.xx).

V spodnji tabeli so predstavljene različice virusa SARS-CoV-2, potrjene v zadnji seriji sekvenciranja, od 11. 12. do 17. 12. 2021.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili. Tudi različice omikron (B.1.1.529 ter podliniji BA.1 in BA.2) nismo potrdili v okviru rednega sekvenciranja v shemi A, saj izvajamo izredno sekvenciranje vzorcev, ki so kot sumljivi zaznani na presejalnem testiranju s PCR.

NLZOH: različice skupaj

Med 23.126 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 144 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice delta (n=75) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 13.677 osebah, 313 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Različico omikron (B.1.1.529, ter podlinije BA.1 in BA.2) smo do sedaj potrdili pri 56 osebah. En primer smo potrdili tekom rednega sekvenciranja, okužba je bila potrjena v 49. tednu pri osebi iz osrednjeslovenske statistične regije. Petinpetdeset dodatnih primerov smo potrdili z izrednim sekvenciranjem.

Potrjeni primeri okužb z različico omikron

V spodnji tabeli so razvidni potrjeni primeri okužb z različico omikron, ki smo jih v NLZOH potrdili z rednim ali izrednim sekvenciranjem (po presejalnem testu PCR). En primer smo potrdili tekom rednega sekvenciranja. 210 primerov smo potrdili z izrednim sekvenciranjem med 17. in 30. 12. 2021. Pri teh primerih je bila okužba potrjena s PCR v času od 15. do 27. 12. 2021.

V NLZOH različico omikron odkrivamo na dva načina:

• s presejalnim PCR testom za karakteristične mutacije VOC,
• s sekvenciranjem genoma virusa kot dokončni dokaz prisotne različice.

S PCR testi za karakteristične mutacije pregledamo od 70 % do 100 % vzorcev pozitivnih na SARS-CoV-2. Od 13. do 28. 12. 2021 smo s presejalnim PCR testi tako potrdili 500 primerov z različico omikron. Vse vzorce, pri katerih s PCR potrdimo različico omikron, vključimo tudi v genomsko sekvenciranje. Od  57 vzorcev, ki smo jih že vključili v sekvenciranje, smo različico omikron potrdili pri 55 (96, 5%), pri dveh vzorcih sekvenciranje ni bilo uspešno.   

Povprečna starost oseb, pri katerih je bila s presejalnim PCR testom potrjena različica omikron, je 32,4 let. Število in deleži potrjenih primerov (vključenih vzorcev do 27. 12. 2021) po starostnih skupinah so prikazani v spodnji tabeli.   

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljena skupna števila s sekvenciranjem potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) ter števila primerov iz zadnje serije za NLZOH. Dodatno je vključeno število potrjenih primerov omikron, ki jih z izrednim sekvenciranjem potrdimo v NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 25.583 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 333 primerov omikron različice, 29 primerov beta različice ter 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Posebno pozornost namenjamo različici omikron in v spodnji tabeli prikazujemo števila primerov, ki so bili pozitivni s presejalnim PCR testom. Skupaj 1406 primerov (925 NLZOH in 481 IMI), ki so za dokončno potrditev vključeni še v sekvenciranje.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden od 11. 12. do 17. 12. 2021

Poročilo IMI 13. 12. do 19. 12. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.