Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. do 28. 11. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 21.493 vzorcev, od tega je bilo 4735 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Od vseh sekvenciranih je 21.183 vzorcev iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 22. 11. do 28. 11. 2021, smo uspešno sekvencirali genomska zaporedja 549 vzorcev, 499 vzorcev iz sheme A, 37 vzorcev iz sheme C (naročila epidemiologov, reinfekcije) ter 13 vzorcev iz sheme D (bolniki na intenzivni negi). V vseh 499 vzorcih iz sheme A smo potrdili delta različico virusa SARS-CoV-2 (B.1.617.2 ter njene podlinije AY.xx).

V enem vzorcu smo potrdili različico AY.4.2, ki jo podrobneje spremljamo, predvsem zaradi hitrega širjenje v Angliji. Skupaj smo različico AY.4.2 do sedaj potrdili pri šestih osebah.

Preostalih treh različic s statusom VOC, beta (B.1.351), gama (P.1) in omikron (B.1.1.529), v zadnjem obdobju sekvenciranja nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 21.183 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 132 različic virusa SARS-CoV-2, vključno s podlinijami različice delta (n=65) in alfa (n=2).

Alfa različico (B.1.1.7 in njene podlinije Q.1 do Q.8 je ECDC umaknil s seznama VOC) smo zaznali v 5.122 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1,in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.120, status: VOC) smo potrdili pri 11.321 osebah, 526 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v petih primerih.

Različica mu (B.1.621, status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI), ter števila iz zadnje serije za NLZOH.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 22.141 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 20 primerih.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za tedna od 22. 11. do 28. 11. 2021

Poročilo IMI za teden od 22. do 28. 11. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.