Za človeka škodljiva nitrat in nitrit se nahajata tudi v pitni vodi, kamor prehajata v večini primerov iz podzemne vode, ki predstavlja 90 % pitne vode v Sloveniji. Ker velik del podtalnice leži na območju, kjer poteka intenzivna kmetijska proizvodnja (kot sta npr. Dravska in Murska kotlina), lahko pride do problema onesnaženja podtalnice z nitrati, saj se nitrati ob nepremišljenem gnojenju ter obilni količini padavin zlahka sperejo v podtalnico
NLZOH sodeluje v projektu Okoljsko učinkovita kmetijska pridelava koruze in pšenice na vodovarstvenih območjih, v okviru katerega skušajo partnerji z novejšimi pristopi in nadzorovanim gnojenjem zagotoviti uspešno, pričakovano oz. željeno kmetijsko pridelavo ter preprečiti dodatno onesnaženje podtalnice na vodovarstvenih območjih (VVO). Projekt odgovarja na aktualne izzive kmetijske rabe na VVO v Sloveniji, ki obsegajo skoraj 1/5 ozemlja.
Novo pridobljena spoznanja vključujejo uporabo stabilizatorja dušika N-lock, ki pripomore k varovanju okolja in podtalnice ter omogoča pridelavo večje količine pridelkov. Stabilizator dušika N-lock namreč preprečuje hitro in nenadno sproščanje dušika, kar pomeni, da podaljša obdobje njegove dostopnosti rastlinam. Ob uporabi N-lock so v povprečju pridelki koruze večji za 600-700 kg/ha ter pšenice za 400-500 kg/ha.
Vlada Republike Slovenije je na 19. redni seji, dne 25. 7. 2013, sprejela Sklep o ustanovitvi Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano (NLZOH). Skladno s sklepom Vlade so z dnevom pričetka delovanja NLZOH prenehali območni zavodi za zdravstveno varstvo.