Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do 15. 8. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 11.266 vzorcev, od tega je bilo 1.671 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 11.762, od tega 11.566 iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 8. 8. do 15. 8. 2021, smo uspešno posekvencirali 533 vzorcev, 529 vzorcev iz sheme A (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev) in 4 vzorce iz sheme C.

Med 529 vzorci iz sheme A smo potrdili 5 različic virusa SARS-CoV-2: delta (B.1.617.2 in njene podlinije AY.4 do AY.12; n = 525; 99,2 %), alfa (B.1.1.7; n = 1; 0,2 %), B.1.153 (n = 1; 0,2 %), B.1 (n = 1; 0,2 %) in A.5 (n = 1; 0,2 %).

V zadnji seriji smo potrdili 529 primerov različice delta, kar predstavlja 99,3 % sekvenciranih vzorcev, in en primer različice alfa (B.1.1.7), kar predstavlja 0,2 %.
Porazdelitev različice delta (B.1.617.2 in AY.4-AY.12) po statističnih regijah je predstavljena v spodnji tabeli.

Preostalih dveh različic s statusom VOC – različice posebnega pomena (angl. variants of concern), beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 8. 8. do 15. 8. 2021 nismo potrdili.

NLZOH: različice skupaj

Med 11.566 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 72 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj zaznali v 5.104 vzorcih.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19. in 20. in 22. tednu.

Delta različico (B.1.617.2 in podlinije AY.4–AY.12, status: VOC) smo potrdili pri 1815 osebah, 529 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti indijske različice spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

Kapa različico (B.1.617.1, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri eni osebi.  

Eta različico (B.1.525, tudi nigerijska različica, status:VUI) smo do sedaj potrdili pri 25 osebah iz 5 različnih regij, največ iz gorenjske regije.

Različico B.1.1.318 (status:VUI) smo do sedaj zaznali v štirih primerih, vsi iz jugovzhodne regije.

Jota različico (B.1.526, tudi newyorška različica, status: monitoring), smo potrdili pri petih osebah.

C.36.3 (status: VUI), pretežno evropska linija. Do sedaj smo potrdili 11 primerov. Večina (n=10) primerov je iz obalno-kraške regije, en primer je iz gorenjske statistične regije.

B.1.621 (status: VUI) različica prvič potrjena januarja 2021 v Kolumbiji. Do sedaj smo potrdili en primer te različice, v savinjski regiji.

NLZOH in IMI: različice skupaj

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena (VOC) in različic, ki jih podrobneje spremljamo (VUI) iz zadnjih dveh serij za NLZOH in IMI skupaj.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 3.415 primerov delta različice in 11 primerov delta+ različice, 10.798 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 8. 8. 2021 do 15. 8. 2021

Poročilo IMI za teden 9. 8. do 16. 8.

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.