Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana od 1. 1. 2021 do  25. 7. 2021 s sekvenciranjem zaporedij celotnih genomov analizirali 9.514 vzorcev, od tega je bilo 1.671 genomov sekvenciranih v sodelovanju z ECDC. Dodatno so na KISLD sekvencirali še 496 vzorcev, skupno torej 10.365, od tega 10.171 iz leta 2021.

V zadnjem obdobju, od 18. 7. do 25. 7. 2021, smo uspešno sekvencirali 161 vzorcev, 160 iz sheme A (Shema A; zaradi zmanjšanja števila pozitivnih vzorcev smo od 21. 6. 2021 naprej v sekvenciranje začeli vključevati vse PCR pozitivne vzorce, ki imajo Ct vrednost manj kot 30; pred to spremembo je shema A predstavljala 10 % pozitivnih vzorcev) in enega iz sheme C.

Potrdili smo 3 različice virusa SARS-CoV-2, delta (B.1.617.2; n=158; 98,1 %), alfa (B.1.1.7; n=2, 1,2 %) in B.1 (n=1; 0,6 %), kar je predstavljeno v spodnji tabeli. Sledi še porazdelitev potrjenih različic po statističnih regijah.

V zadnji seriji smo potrdili 158 primerov različice delta, kar predstavlja 98,1 % sekvenciranih vzorcev.
Porazdelitev različice delta po statističnih regijah je predstavljena v spodnji tabeli.

Preostalih dveh različic s statusom VOC, beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 18. 7. do 25. 7. 2021 nismo potrdili.

Različice skupaj

Med 10.171 vzorci iz leta 2021 (iz vseh shem) smo v NLZOH zaznali 61 različic virusa SARS-CoV-2.

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj skupaj z IMI zaznali v 10.783 vzorcih, od tega v zadnji seriji sekvenciranja v NLZOH poročamo 2 primera, IMI pa dodatne 4 primere.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14. Skupaj z IMI smo jih potrdili 29.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8., 16., 18., 19., 20. in 22. tednu; skupaj z IMI 9 primerov gama različice.

Delta različico (B.1.617.2, prej imenovana indijska različica, status: VOC) smo do sedaj skupaj z IMI potrdili pri 1.161 osebah, 158 novih primerov v zadnji seriji sekvenciranja poročamo v NLZOH, IMI poroča 216 novih primerov. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

V spodnji tabeli so predstavljene skupna števila potrjenih primerov različic posebnega pomena in različic, ki jih podrobneje spremljamo.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 1.161 primerov delta različice in 10 primerov delta+ različice, 10.783 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 7 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 18. 7. do 25. 7. 2021

Poročilo IMI za teden 18. 7. do 25. 7. 2021

Preberite prispevek objavljen na spletni strani American Society for Microbiology How Dangerous is the Delta Variant (B.1.617.2)? (Kako nevarna je delta različica?)

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.