Sledenje različicam SARS-CoV-2

V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) smo v sodelovanju s KISLD UKC Ljubljana v ponedeljek, 12. 7. 2021, prejeli vzorce PCR pozitivnih med 5. in 11. 7., iz katerih smo uspešno pridobili 166 sekvenc. Nekateri od prejetih vzorcev so povezani tudi z udeleženci, ki so se vrnili z maturantskega izleta iz Španije. Točnih podatkov, kdo od testiranih oseb je bil udeleženec maturantskega izleta, nimamo. S temi podatki razpolaga epidemiološka služba. 

Od 166 vzorcev smo delta različico potrdili pri 148 vzorcih (89 %). 60 % potrjenih vzorcev z različico delta je v starostni skupini 17-18 let; od teh jih 84 % prihaja iz gorenjske in jugovzhodne statistične regije. 

V zadnji seriji smo potrdili 148 primerov različice delta. Porazdelitev različice delta po statističnih regijah in po starostnih skupinah je predstavljena v spodnjih tabelah.

Preostalih dveh različic s statusom različice posebnega pomena (VOC – Variatns under concern), beta (B.1.351) in gama (P.1.), v obdobju od 5. 7. do 11. 7. 2021 nismo potrdili.

Poročamo tudi dva nova primera različice C.36.3, ki je znana tudi kot C.36 s pridruženo mutacijo L452R (C.36+L452R). C.36.3 je s strani ECDC trenutno uvrščena kot različice, ki jih podrobneje spremljamo (VUI – Variants under investigation). Oba primera sta iz obalno-kraške statistične regije.

Prvič smo potrdili tudi primer različice B.1.621, ki jo ECDC prav tako uvršča med različice, ki jih podrobneje spremljamo. Prvič je bila zaznana januarja 2021 v Kolumbiji. Za to različico so značilne naslednje kritične mutacije: R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H. Potrjen primer je iz savinjske statistične regije.

Različice skupaj

Alfa različico (B.1.1.7, imenovana tudi angleška različica, status: VOC) smo do sedaj zaznali v 5024 vzorcih, od tega poročamo 11 primerov v zadnji seriji sekvenciranja.

Beta različico (B.1.351; prej imenovano južnoafriška različica, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, tri primere v gorenjski regiji v tednih 8 in 10 ter tri primere v podravski regiji v tednih 8, 11 in 14.

Gama različico (P.1, prej imenovana brazilska različica, in podtip P.1.1, status: VOC) smo do sedaj potrdili pri šestih osebah, v 8, 16, 18, 19 in 20 in 22 tednu.

Delta različico (B.1.617.2, prej imenovana indijska različica, status: VOC) smo potrdili pri 184 osebah, 148 novih primerov poročamo v zadnji seriji sekvenciranja. Te vrednosti se nanašajo na vse vzorčne sheme, A, B, C in D. Naraščanje pojavnosti različice delta spremljamo na podlagi sheme A, za katero so deležne zastopanosti po tednih prikazane na spodnjem grafu.

IMI je v tokratno presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 vključil 115 SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev, ki so bili odvzeti med 5. 07. 2021 in 11. 7. 2021. Različico alfa so potrdili v 16 vzorcih, različice beta niso potrdili, različico gama so potrdili v 1 vzorcu, različico delta v 73 vzorcih.

Skupaj z IMI smo do sedaj v Sloveniji potrdili 421 primerov delta različice in 6 primerov delta+ različice, 10.754 primerov alfa različice, 29 primerov beta različice in 9 primerov gama različice. Različico eta smo potrdili v 48 primerih, različico joto v 6 primerih in različico B.1.1.318 v 19 primerih.

Epidemiološko službo smo o rezultatih obvestili. 

Delta različica je bolj nalezljiva kot ostale različice, zato tudi v NLZOH pozivamo vse prebivalce, ki še niso polno cepljeni, da se cepijo čim prej, saj polno cepljeni razvijejo visoko zaščito tudi proti tej različici.

Poročilo NLZOH in KISLD UKC Ljubljana za teden 5. 7. do 11. 7. 2021

Poročilo IMI za teden 5. 7. do 11. 7. 2021

V sodelovanju z GISAID smo pripravili animacijo, ki je dostopna na tej povezavi in omogoča različne možnosti pregledovanja razširjenosti različic virusa v Sloveniji. Več

Nacionalna strategija sledenja znanim in novim različicam
Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Sloveniji izvajamo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD) Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana ter na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo (IMI) Medicinske fakultete v Ljubljani.